地下水污染方式可分为直接污染和间接污染两种。直接污染的特点是污染物直接进入含水层，在污染过程中，污染物的性质不变。这是对地下水污染的主要方式。间接污染的特点是，地下水污染并非由于污染物直接进入含水层引起的，而是由于污染物作用于其他物质，使这些物质中的某些成分进入地下水造成的。例如，由于污染引起的地下水硬度的增加、溶解氧的减少等。间接污染过程复杂，污染原因易被掩盖，要查清污染来源和途径较为困难。
进入地下水的污染物有来自人类活动的，有来自自然过程的。
1. 生活污水和生活垃圾会造成地下水的总矿化度、总硬度、硝酸盐和氯化物含量的升高，
有时也会造成病原体污染。
2. 工业废水和工业废物可使地下水中有机和无机化合物的浓度增加。
3. 农业施用的化肥和粪肥，会造成大范围的地下水硝酸盐含量增高。农药对地下水的污染
较轻，且仅限于浅层。农业耕作活动可促进土壤有机物的氧化，如有机氮氧化为无机氮
（主要是硝态氮），随渗水进入地下水。天然的咸水会使地下天然淡水受咸水污染等。
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